Dyrektor KIS swoje działanie uzasadnia tym, że interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną w zakresie wydatków na wynagrodzenia pracowników za czas nieobecności. Jednak działanie Dyrektora KIS jest na wyrost, ponieważ powinien on stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnych jedynie w tym zakresie, w którym pokrywa się ona z interpretacją ogólną (a więc właśnie w zakresie wynagrodzenia za czas absencji). Powyższe powoduje, że podatnicy korzystający z ulgi B+R zostają pozbawienia ochrony prawnej wynikającej z ich interpretacji indywidualnych.
Ważne jest to, że Dyrektor KIS stwierdza wygaśnięcia również tych interpretacji indywidualnych, gdzie wnioskodawca nie pytał o możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzenia za czas absencji.
Na postanowienie Dyrektora KIS przysługuje zażalenie w terminie 7 dni od dnia jego otrzymania. Dyrektor KIS jest uprawniony do tego, aby stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej jedynie w części – potwierdzają to wyroki sądów administracyjnych – dlatego złożenie zażalenia na powyższe postanowienia jest jak najbardziej zasadne, a wręcz wskazane. Należy pamiętać, że podatnikom przysługuje zawity termin 7 dni – po jego przekroczeniu nie będzie możliwe złożenie zażalenia.
