NSA potwierdził, iż organy podatkowe nie mogą w nieskończoność przedłużać terminu zakończenia kontroli podatkowej, czy też postępowania kontrolnego, związanych z weryfikacją zasadności zwrotu podatku VAT. W postanowieniu o przedłużeniu terminu do zakończenia czynności muszą przedstawić i wyjaśnić powód, dla którego postępowanie nie może zakończyć się w określonym terminie. Przedłużenie postępowań często wiąże się z zatrzymaniem kwoty zwrotu wynikającego ze złożonej przez podatnika deklaracji i w konsekwencji może znacząco wpływać na płynność finansową podatnika.
Zasadniczo zwrot podatku VAT następuje w terminie 60 dni licząc od dnia złożenia deklaracji. Urzędy skarbowe są obowiązane do weryfikacji zasadności zadeklarowanego zwrotu i w związku z tym podejmują kontrolę podatkową lub czynności sprawdzające. Weryfikacją zasadności zwrotów zajmują się również organy skarbowe (UKS) i zdarza się, że na skutek prowadzonego przez UKS postępowania kontrolnego za dany okres rozliczeniowy, również termin bieżąco zadeklarowanej przez podatnika kwoty VAT do zwrotu jest przez urząd skarbowy przedłużany.
W wyroku z dnia 24 kwietnia 2015 r. sygn. akt I FSK 1881/14, NSA stwierdził, że postępowania kontrolne nie mogą trwać w nieskończoność, lecz zgodnie z zasadami Ordynacji podatkowej odnoszącymi się do szybkości działania. W przeciwnym razie organ działa przewlekle, a to świadczy o rażącym naruszeniu prawa. Tym samym potwierdził orzeczenie wydane przez WSA, w którym sąd administracyjny krytycznie odniósł się do postępowania organu skarbowego, który przedłużał kilkakrotnie postępowanie kontrolne, przy czym nie wskazywał konkretnych przyczyn, które uniemożliwiają zakończenie postępowania i wydanie decyzji.
WSA w Lublinie (którego orzeczenie stało się kanwą dla rozważań NSA) zauważył, że instytucje bezczynności organu podatkowego i przewlekłego prowadzenia postępowania podatkowego mają wspólny mianownik. W obu przypadkach organ nie załatwia sprawy podatkowej we właściwym terminie (ustawowym czy przedłużonym). Zgodnie bowiem z art. 139 § 1 Ordynacji podatkowej załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej – nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy niniejszej ustawy stanowią inaczej.