Organy podatkowe nie mają racji odmawiając prawa do odliczenia podatku VAT zapłaconego przy zakupie przez przyszłych wspólników spółki cywilnej (małżonków), przed jej rejestracją, nieruchomości na cele działalności tej spółki, które to nieruchomości zostały następnie wniesione do spółki i ujęte w ewidencji środków trwałych.
Fakt, iż nabywcami nieruchomości, wskazanymi w fakturach zakupu, byli przyszli wspólnicy spółki cywilnej, nie stoi na przeszkodzie realizacji przez spółkę prawa do odliczenia podatku VAT zapłaconego przy zakupie tych nieruchomości, po dokonaniu przez nią rejestracji jako czynnego podatnika VAT, gdy nieruchomości od początku miały służyć i będą wykorzystywane w działalności gospodarczej spółki. Fakt, że fakturę zakupu nieruchomości wystawiono na nazwisko przyszłych wspólników, nie może, w świetle orzecznictwa TSUE, uniemożliwiać spółce dokonanie odliczenia podatku naliczonego.
Spółka, domagając się przyznania jej prawa do odliczenia podatku naliczonego powoływała się na zasadę neutralności podatku VAT, wskazując, że w świetle tej zasady niespełnienie wymogów formalnych, dotyczących warunków stawianych fakturze zakupu towaru, nie może prowadzić do uniemożliwienia odzyskania przez podatnika podatku naliczonego, w sytuacji, gdy pomiędzy podatnikami, którzy ponieśli ciężar podatku VAT (a nie występowali jako konsumenci finalni), a wspólnikami spółki osobowej, która wykorzystuje ten towar w prowadzonej przez siebie działalności gospodarczej istnieje tożsamość podmiotowa – tak jak miało to miejsce w rozpoznawanej sprawie, gdzie spółkę cywilną zawiązali małżonkowie.
WSA we Wrocławiu nie zgodził się ze stanowiskiem organu podatkowego zawartym w wydanej interpretacji indywidualnej, iż prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego od transakcji zakupu nieruchomości nie może być realizowane przez spółkę cywilną. Sąd podkreślił, że zasada neutralności jest podstawową zasadą konstrukcyjną podatku VAT i ma ona zagwarantować, że podatek ten będzie obciążał wyłącznie konsumpcję, nie zaś działalność gospodarczą. Stąd też konieczne jest, by podmiot, który przy zakupie towarów lub usług na cele działalności gospodarczej, a nie konsumpcji, poniósł ciężar opodatkowania VAT, miał możliwość odzyskania tego podatku. Takie stanowisko wynika także z orzecznictwa TSUE. Trybunał w swych orzeczeniach podkreśla, że zasada neutralności VAT w odniesieniu do obciążenia podatkowego przedsiębiorstwa wymaga, aby pierwsze wydatki inwestycyjne dokonane na potrzeby i cele przedsiębiorstwa były uznawane za działalność gospodarczą, oraz, że z ową zasadą byłoby sprzeczne, gdyby rzeczona działalność rozpoczynała się dopiero w chwili, gdy nieruchomość jest faktycznie wykorzystywana, to znaczy gdy powstaje dochód podlegający opodatkowaniu.
Stanowisko to powtórzył NSA w wyroku z 5 listopada 2014 r. sygn. akt I FSK 1658/13, oddalając skargę kasacyjną Ministra Finansów.