Przepisy dotyczące zwolnień z VAT muszą być stosowane w sposób ścisły, a ich wykładnia nie może prowadzić do poszerzenia zakresu zastosowania zwolnienia. Powyższe skutkuje tym, że jeżeli jedynie część sprzedawanego budynku może być objęta zwolnieniem, to nie należy go stosować w odniesieniu do pozostałej części budynku. Sprzedaż jednego, niepodzielnego budynku może zatem w części podlegać opodatkowaniu VAT, a w części być zwolniona od VAT.
Stawka VAT jest z całą pewnością jednym z kluczowych aspektów związanych z opodatkowaniem dostawy nieruchomości zabudowanych. Przepisy Ustawy VAT regulujące tę kwestię są jednak dość skomplikowane i pozostawiają niestety w tym zakresie wiele wątpliwości.
Kluczowe znaczenie dla opodatkowania dostawy nieruchomości zabudowanej ma fakt, czy w odniesieniu do zbywanych obiektów doszło do pierwszego zasiedlenia. Zgodnie bowiem z przepisami, w przypadku dostawy budynków i budowli w ramach lub przed pierwszym zasiedleniem albo w okresie do dwóch lat od pierwszego zasiedlenia, podlega ona opodatkowaniu VAT; w pozostałych przypadkach co do zasady dostawa jest zwolniona od VAT.
Problemem praktycznym, jaki może wystąpić w tego typu transakcjach, jest ustalenie czy budynki lub budowle zostały zasiedlone w części, czy w całości. Jak w takich przypadkach należy opodatkować dostawę? Czy należy przyjąć, że jeżeli do pierwszego zasiedlenia doszło w odniesieniu do części budynku, to ma ono skutek w odniesieniu także do pozostałej części? Czy w przypadku uznania, że jedynie część budynku została zasiedlona podstawę opodatkowania z tytułu dostawy należy podzielić i w części opodatkować, a w części zastosować zwolnienie?
Ustawa VAT nie daje odpowiedzi na powyższe pytania, ale pewna praktyka została już w tym zakresie wypracowana zarówno przez organy podatkowe, jak i sądy administracyjne. Z analizy interpretacji i orzecznictwa wynika, że mimo iż z cywilistycznego punktu widzenia dochodzi do dostawy jednego niepodzielonego towaru, to dla celów VAT, tam gdzie jest to konieczne należy dokonać odpowiedniego podziału. Powyższe wynika z faktu, że zwolnienia w zakresie podatku VAT należy interpretować w sposób ścisły.
Może zatem dojść do sytuacji, że przy zbyciu budynku czy budowli, w stosunku do części będzie należało zastosować zwolnienie od podatku VAT, druga cześć będzie natomiast opodatkowana. Sytuacja taka może wystąpić, jeżeli przykładowo po wybudowaniu budynku (lub po poniesieniu na niego nakładów modernizacyjnych przekraczających 30% jego wartości) jego właściciel w części sam korzystał z tego budynku, a w części oddał go w najem. – jedynie bowiem w odniesieniu do wynajętej części doszło do pierwszego zasiedlenia budynku. Gdyby właściciel zbywał budynek po upływie 2 lat od wybudowania lub modernizacji, wówczas jedynie część wynajmowana podlegałaby zwolnieniu od opodatkowania VAT (bo od jej pierwszego zasiedlenia, tj. oddania w najem upłynął okres dłuższy niż dwa lata), natomiast ta część budynku, która była użytkowana na własne cele przez właściciela byłaby zasiedlana (w rozumieniu Ustawy VAT) dopiero w momencie sprzedaży i tym samym opodatkowana. Podkreślić należy, że takiego wyodrębnienia należy dokonać, jeśli przedmiotem najmu było nawet jedno pomieszczenie.
Kierując się stanowiskiem prezentowanym przez sądy administracyjne należałoby więc przyjąć, że koniecznym jest dokonania podziału ceny nieruchomości na część przypadającą na tę zasiedloną oraz niezasiedloną część budynku. Powyższe znajduje odzwierciedlenie przykładowo w wyroku WSA w Gdańsku z dnia 16 lipca 2014 r., sygn. akt I SA/Gd 646/14.
