W przypadku, gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Zwrot różnicy podatku, co do zasady następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia deklaracji na rachunek bankowy podatnika.
Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, Urząd Skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Jak zauważył WSA w Bydgoszczy, zwrot różnicy podatku VAT jest prawem podatnika wypływającym wprost z zasady prawa do odliczenia podatku zapłaconego w poprzedniej fazie obrotu i „zweryfikowanie zasadności zwrotu” będzie tylko wówczas uzasadnione, jeśli istnieją „istotne wątpliwości” co do zasadności zwrotu. Co więcej, chcąc zastosować ten środek, organ ma obowiązek wytłumaczyć podatnikowi zasadność pozbawienia go prawa do pieniędzy w określonym przez ustawę terminie. Takie wytłumaczenie by być uznane za pełne, musi też określać przewidywany czas weryfikacji. Zdaniem WSA, na tle zapisu art. 87 ust. 2 Ustawy VAT należy rozróżnić termin „przedłużenie terminu” od „otwarcia terminu na nowo”. Jakkolwiek w rozróżnieniu ten ostatni dozwalałby na prowadzenie czynności bez dookreślenia terminu ich zakończenia, to „przedłużenie” w świetle prawa podatnika VAT do zwrotu kwoty różnicy podatku, nakłada na organ obowiązek uzasadnienia potrzeby dodatkowego zweryfikowania, oraz odpowiednio wyjaśnienia na czym będzie polegać weryfikacja w taki sposób, by pozwolić podatnikowi na powzięcie wiedzy, jak długo może nie otrzymać pieniędzy.
Podkreślił, że jakkolwiek organ dokonał czynności weryfikacji, to jednak zabrakło wyjaśnienia, dlaczego uznał za zasadne dodatkowe zweryfikowanie zwrotu, kiedy wystąpił z pytaniem, i jak długo można spodziewać się zwykle takiej odpowiedzi. Brak tego oznacza, że organ złamał zarówno zasadę zaufania do organów podatkowych (art. 121§ 1 o.p.), jak i zasadę przekonywania (art. 124 o.p.). Nie można bowiem dopuścić do sytuacji, gdy organ przedłuża termin zwrotu podatku bez jakiejkolwiek cezury czasowej.
Wyrok z 8 lipca 2014 r. sygn, akt SA/Bd 635/14.